O reconhecimento molecular é uma reação entre duas ou mais moléculas por meio de ligações não covalentes complementares, por exemplo, via ponte de hidrogênio; coordenação metálica; Forças de Vander Waals; e interações π−π, hidrofóbicas ou eletrostáticas.
O reconhecimento molecular desempenha um papel importante na biologia e medeia interações entre receptores e ligantes, antígenos e anticorpos, ácidos nucleicos e proteínas, proteínas e proteínas, enzimas e substratos e ácidos nucleicos entre si. Também foram sintetizados vários sistemas artificiais que dependem do reconhecimento molecular, por exemplo, ácido nucleico peptídico e outros oligonucleotídeos antisense.
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