A contaminação das membranas causa maior consumo de energia, maior frequência de limpeza e menor vida útil da membrana. A contaminação da membrana é geralmente chamada de incrustação. As condições operacionais ótimas e o tamanho dos poros para reduzir a incrustação das membranas dependem do tamanho do poro para a proporção do tamanho da partícula e das interações físico-químicas entre o soluto e a membrana. A incrustação da membrana pode causar um declínio severo do fluxo. Existem vários tipos de incrustantes: coloidais (argilas, flocos), biológicos (bactérias, fungos), orgânicos (óleos, polieletrólitos, húmicos) e incrustantes (precipitados minerais).
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