Microbiologia clínica é o estudo de quaisquer organismos microscópicos que podem causar infecção em humanos. Como os microorganismos são comuns na natureza e alguns podem causar doenças humanas graves, esse assunto é frequentemente estudado pela fonte da amostra do corpo – localização específica, tipo de fluido ou tecido corporal específico. Os microbiologistas clínicos devem ser capazes de distinguir entre microrganismos normais e prejudiciais. Por exemplo, E.coli são microrganismos normais em algumas partes do corpo o tempo todo, mas quando ocorre um surto de doença transmitida por alimentos, o cientista do laboratório médico pode cultivar o alimento suspeito e realizar testes específicos para determinar se uma cepa diferente e perigosa de E. coli é responsável.
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