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O Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics segue um sistema de revisão por pares duplo-cego. O revisor não conhece a identidade do autor e o autor não conhece a identidade do revisor. Existem pelo menos três ou mais revisores para o número total de artigos em cada edição. A revista destina-se à publicação por profissionais clínicos, médicos ou de saúde, estudantes, profissionais e investigadores, bem como grupos profissionais e instituições.
Todos os manuscritos enviados são gerenciados para verificação preliminar de controle de qualidade por meio do escritório editorial, seguidos por um processo externo de revisão por pares. Normalmente, o controle de qualidade preliminar é concluído em 7 dias e permanece principalmente com referência à formatação do periódico, inglês e escopo do periódico.