Jornal de Farmacogenômica e Farmacoproteômica

Abstrato

Variantes supressivas de tRNA de selenocisteína no genoma completo de Methanopyrus kandleri AV19

Uttam Roymandal, Shib Sankar Das, Riya Rakshit e Satyabrata Sahoo4*

Em Archaea, estudos anteriores revelaram a presença de múltiplos tRNAs contendo íntrons e tRNAs divididos. A análise completa e não expurgada dos genes de tRNA das arqueias continua a ser uma tarefa desafiante no campo da bioinformática, devido à presença de vários tipos de genes de tRNA interrompidos nas arqueias. Aqui sugerimos um método computacional que procurava genes amplamente separados que codificam metades de tRNA para gerar variantes supressivas de tRNAs em falta. Considerando a existência de genes de tRNA divididos amplamente separados em todo o genoma, desenvolvemos o nosso algoritmo de pesquisa de tRNA para prever estes genes de tRNA separados, pesquisando um motivo terminal 5’ e 3’ conservado de tRNA de acordo com a hipótese de divisão com base de previsão de trevo e determinação in silico da estrutura secundária bojo-hélice-bojo nos locais de emenda. Através de uma pesquisa abrangente de genes de tRNA em falta, caracterizámos novas variantes de tRNA de selenocisteína que foram encontradas inseridas em Methanopyrus kandleri AV19. A análise da sequência completa do genoma de M. kandleri AV19 revelou o modo múltiplo de transcrição de um RNA não codificador que descodifica UGA para ler a selenocisteína (Sec) e sugeriu um estudo mais aprofundado dos genes de tRNA rompidos 002E.