Jornal de Farmacogenômica e Farmacoproteômica

Abstrato

Uma abordagem de PCR em tempo real de alto rendimento para estudos farmacogenómicos

Toinette Hartshorne, Ferrier Le, Jordan Lang, Harrison Leong, Kathleen Hayashibara, Dominique Dewolf e Elliot Shelton

Os avanços na medicina personalizada levaram a um aumento dos estudos farmacogenómicos que envolvem testes em indivíduos para enzimas do metabolismo de medicamentos e polimorfismos de genes transportadores implicados na resposta aos medicamentos. Como consequência, existe uma procura crescente por tecnologias acessíveis e fáceis de utilizar, com fluxos de trabalho rápidos desde a amostra até aos resultados, que possam acomodar testes de conjuntos personalizáveis ​​de variantes genéticas alvo e um número variável de amostras. Além disso, são necessárias ferramentas de análise de dados para facilitar a tradução da informação genética de um indivíduo para o seu conteúdo diplóide de haplótipos de alelos estelares ao nível do gene, que podem ser correlacionados com fenótipos de enzimas do metabolismo de fármacos. Aqui descrevemos o desenvolvimento de uma solução abrangente de fluxo de trabalho de experiências farmacogenómicas para satisfazer esta necessidade. Foram gerados dados de alta qualidade a partir de ADNs purificados de esfregaços bucais executados com genotipagem TaqMan® SNP e ensaios de número de cópias em formatos OpenArray® e placas de 384 poços, respetivamente, no sistema QuantStudio™ 12K Flex. A análise dos dados foi realizada utilizando o software TaqMan® Genotyper™ para examinar os resultados do ensaio de genotipagem SNP e o software CopyCaller® para examinar os resultados do ensaio de número de cópias, seguido da tradução destes dados genéticos para amostras individuais para genótipos de alelos estrela utilizando o software AlleleTyper™ recentemente desenvolvido. Os ensaios específicos de genotipagem e número de cópias TaqMan® SNP para as variantes genéticas utilizadas podem ser adaptados para satisfazer as necessidades de um determinado estudo farmacogenómico. Este fluxo de trabalho farmacogenómico de baixo custo e alto rendimento pode ser concluído num único dia, desde a preparação da amostra até à análise dos dados.