Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Visualização de dados genómicos de alto rendimento usando R e Bioconductor

Ruchi Yadav e Prachi Srivastava

Microarranjos de ADN, a tecnologia visa a medição dos níveis de mRNA em células ou tecidos específicos para muitos genes em simultâneo. O microarray em biologia molecular resulta em enormes conjuntos de dados que necessitam de uma análise computacional rigorosa para extrair informação biológica que leve a alguma conclusão. Desde a impressão do chip microarray até ao processo de hibridização e digitalização, resulta em variabilidade na qualidade dos dados, devido à qual a informação real é perdida ou sobre-representada. A análise computacional desempenha um papel importante relacionado com o processamento da informação biológica incorporada nos resultados dos microarranjos e com a comparação dos resultados da expressão genética obtidos a partir de diferentes amostras em diferentes condições para interpretação biológica. Uma tarefa básica, mas desafiante, é o controlo de qualidade e a visualização de dados de expressão genética de microarranjos. Uma das plataformas mais populares para a análise de microarranjos é o Bioconductor, um projeto de software de código aberto e desenvolvimento aberto para análise e compreensão de dados genómicos, baseado na linguagem de programação R. Este artigo descreve procedimentos específicos para conduzir a avaliação da qualidade do chip Affymetrix Gene utilizando dados da base de dados GEO GSE53890 e descreve pacotes de controlo de qualidade de biocondutores com referência a gráficos de visualização para análise detalhada. Este artigo pode ser útil para qualquer investigador que trabalhe em análise de microarranjos para análise de controlo de qualidade do chip affymetrix juntamente com interpretações científicas.