Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Construção de mapas de variantes para detetar propriedades simétricas dos genomas em distribuições 2D

Jeffrey Zheng, Weiqiong Zhang, Jin Luo3, Wei Zhou1 e Veronica Liesaputra

Os métodos de visualização desempenharam um papel fundamental no Projeto Genoma Humano. Após o desenvolvimento adicional noutros projetos internacionais, como o ENCODE, um grande número de bases de dados de genomas são estabelecidos e são desenvolvidas medições de expressão genética em massa em todo o genoma. Na situação atual, é necessário mudar os alvos da biologia celular computacional, da recolha de dados sequenciais para a interpretação de nível superior e a exploração de mecanismos eficientes de recuperação de genomas baseados em conteúdo. Os genomas dos mamíferos codificam milhares de grandes ARN não codificantes (lncRNAs), muitos dos quais regulam a expressão genética, interagem com complexos reguladores da cromatina e pensa-se que desempenham um papel na localização destes complexos para atingir loci em todo o genoma. Utilizando ferramentas de visualização de dimensões superiores, as suas propriedades interativas complexas poderiam ser organizadas como diferentes mapas visuais. O Variant Map Construction VMC como esquema emergente é sistematicamente proposto neste artigo para aplicar múltiplos mapas que utilizam quatro símbolos Meta, iguais às representações de ADN ou ARN. A arquitetura do sistema dos principais componentes e o mecanismo principal do VMC são descritos. Os módulos principais, as equações relevantes e os seus parâmetros de E/S são discutidos. Utilizando o sistema VMC, são testados dois conjuntos de dados de ADN de múltiplas sequências reais para mostrar as suas propriedades visíveis a níveis mais elevados de relações intrínsecas entre sequências de ADN relevantes em mapas 2D. Os resultados visuais são brevemente analisados ​​para explorar as suas propriedades intrínsecas e características simétricas em sequências genómicas relevantes em mapas 2D da Construção do Mapa Variante. Um conjunto de exemplos de mapas 2D está incluído e as suas características são ilustradas em vários ambientes controláveis.