Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Unidades: Universal True SDSA (alinhamento de sequências dependente da estrutura)

Scott Foy e Gerald Wyckoff

Motivação: O programa Universal True SDSA (Structure-dependent Sequence Alignment), ou UniTS, calcula o alinhamento de sequências de aminoácidos mais provável derivado de múltiplas estruturas tridimensionais de proteínas sobrepostas. Além disso, utilizando este SDSA recentemente gerado, o UniTS calcula pontuações de avaliação de qualidade melhoradas (por exemplo, RMSD, etc.) para as estruturas proteicas sobrepostas. Embora outros algoritmos tenham sido desenvolvidos para derivar um alinhamento de sequências de aminoácidos a partir de estruturas tridimensionais de proteínas alinhadas utilizando a proximidade atómica, nenhum deles gere adequadamente múltiplas correspondências de resíduos, evita a ordenação incorreta de resíduos e alinha sequencialmente regiões estruturalmente não conservadas. O UniTS compensa as fragilidades inerentes aos programas SDSA baseados em perfis de resíduos e aos programas de alinhamento estrutural. Ao contrário dos programas SDSA baseados em perfis de resíduos utilizados como precursores da modelação de threading e homologia, o UniTS é verdadeiramente dependente da estrutura. Resultados: Os resultados aqui apresentados demonstram que o UniTS calcula o alinhamento de sequências universal para a proteína completa em comparação com o alinhamento de sequências parciais derivado de programas de alinhamento estrutural. Além disso, estes resultados demonstram a capacidade do UniTS de refinar a entrada de alinhamento de sequências num programa de superposição e utilizar este alinhamento refinado para calcular melhores pontuações de avaliação da qualidade estrutural. Por fim, a capacidade de geração de índice de qualidade