Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Para estudar os efeitos da injeção de Shenqifuzheng (SFI) nos micro-RNAs em células dendríticas humanas

Yuwh H, Sze WH, Yip DMY, Cho SP, Boost WCS, Zhang MV, Fan Z, Ng K, Ng MCH, Yeung JWC, Hung A, H WH, Chong GSL e Lee RLP

Método: Este estudo utilizou uma abordagem de duas etapas. Inicialmente, estávamos a utilizar uma linhagem celular robusta de DC para identificar aqueles miRNAs que poderiam estar envolvidos na ativação de DC; seguida, seguido de confirmação utilizando DC derivada de monócitos, que estava mais próxima dos contextos fisiológicos da vida real. A célula THP-1, uma linha celular de leucemia monocítica humana, demonstrou anteriormente ser útil para o estudo in vitro de DC. Neste estudo, identificámos uma série de potenciais candidatos a miRNA nas DCs ativadas por SFI utilizando MicroRNA Array de 381 miRNAs humanos conhecidos (Sanger miR Base, versão 14). O miR-22, o miR-107 e o miR-200a foram então selecionados entre os mais de 30 potenciais candidatos a miRNA com alteração de dobra de expressão relativa> 2 identificada de acordo com as evidências computacionais recuperadas no pipeline de base de dados de anotação miR Base . Estes três miRNAs foram posteriormente examinados para detetar qualquer alteração na expressão num estudo confirmatório utilizando DCs derivadas de monócitos (MDDC) de células mononucleares do sangue periférico de indivíduos normais saudáveis ​​(n = 7) através da quantificação por quantificação por RT-PCR em tempo real. Estes resultados foram correlacionados com os níveis de expressão de HLA-DR e CD80 nos MDDCs através de citometria de fluxo. Resultados: Os resultados confirmatórios não mostraram qualquer regulação positiva consistente nas expressões de miR22, miR107 e miR-200a devido ao SFI nas sete amostras de MDDC. Além disso, os resultados dos testes em MDDCs após tratamento de SFI em duas diluições diferentes de 1/20 e 1/40, respetivamente, durante 24 horas de incubação também demonstraram alterações insignificantes na expressão de HLA-DR e CD80 (p>0, 05). Além disso, a correlação da expressão de três mi-RNA e os níveis de expressão superficial de HLA-DR e CD80 não foram estatisticamente significativos para MDDCs com tratamento de SFI diluído em 1/20 por 1 hora, SFI diluído em 1/20 por 4 horas , e SFI diluído em 1/40 durante 1 hora (p>0,05). Conclusões: O aumento da expressão de miRNA de miR-22, miR-107 e miR-200a foi encontrado apenas na linhagem celular de THP-1, mas não foi demonstrado de forma consistente nos MDDCs de sete amostras de sangue periférico humano. Assim, permanece desconhecido se estes três mi-RNAs foram reguladores epigenéticos realmente importantes durante o processo de SFI em DC; e exigirá mais investigações futuras utilizando múltiplas fontes autênticas de DC.