Biologia e Medicina

Abstrato

O impacto dos valores dos parâmetros de sequência na precisão filogenética

Bhakti Dwivedi, *Sudhindra R Gadagkar

Uma filogenia inferida com precisão é importante para o estudo da evolução. Os fatores que afetam a precisão de uma árvore inferida podem ser atribuídos a várias etapas sequenciais que levam à inferência da filogenia. Examinamos aqui o impacto de algumas características das sequências de nucleótidos nos alinhamentos na precisão filogenética (topológica), em vez de qualquer fonte de erro durante o processo de alinhamento de sequências ou escolha do método de inferência (como é geralmente feito). Especificamente, estudamos (usando simulação computacional) as implicações da alteração dos valores dos seguintes cinco parâmetros, individualmente e em combinação: comprimento da sequência (l), taxa de substituição de nucleótidos (r), composição de bases de nucleótidos (?), a transição- rácio da taxa de transversão (?) e heterogeneidade da taxa de substituição entre sítios (?). Um resultado interessante e inesperado foi este? tem uma forte relação positiva com a precisão filogenética, especialmente a elevadas taxas de substituição. Este trabalho baseado em simulação tem implicações para os investigadores empíricos da área e deverá permitir-lhes escolher entre os múltiplos genes normalmente disponíveis hoje em dia para uma inferência mais precisa da filogenia que está a ser estudada.