Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

A variação completa da sequência do genoma mitocondrial e análise filogenética da amoreira

Guo Liangliang, Shi Yisu, Wu Mengmeng, Michael Ackah, Qiang Lin, Weiguo Zhao*

Enquadramento: A amoreira é uma cultura economicamente significativa, com tolerância a diversas condições ambientais. A planta (folhas) é utilizada para a alimentação do bicho-da-seda e, para o seu paisagismo e apresenta elevadas perspetivas de desenvolvimento e valor de investigação científica. As mitocôndrias são a força motriz das plantas que produz a energia necessária para realizar os processos vitais.

Objectivo: O genoma das mitocôndrias vegetais (mt) serve como uma potência que produz a energia necessária para realizar os processos vitais nas plantas. No entanto, o genoma da mitocôndria (mt) da amoreira ainda está inexplorado. Este estudo investigou o genoma mt de Morus L ( M. atropurpurea e M. multicaulis ) e comparou-o com outras espécies de plantas.

Métodos: O genoma mt de Morus L ( M. atropurpurea e M. multicaulis ) foi sequenciado utilizando o Oxford Nanopore Prometh ION e os dados foram montados e analisados ​​e depois comparados com o genoma mitocondrial de outras plantas. A análise filogenética foi realizada para estudar o estado evolutivo das amoreiras estudadas

Resultados: O genoma circular mt de M. multicaulis tem um comprimento de 361.546 pb, contém 54 genes, incluindo 31 genes codificadores de proteínas, 20 genes tRNA e 3 genes rRNA e composição de A (27,38%), T (27,20 %) , C (22,63%) e G (22,79%). Por outro lado, o genoma circular mt de M. atropurpurea tem um comprimento de 395.412 pb, é composto por C + G (45,50%), incluindo 57 genes funcionais contendo 2 genes rRNA, 22 genes tRNA e 32 PCGs. Existem repetições de sequência, gene de edição de RNA e migração de cp para mt no genoma de M. multicaulis e M. atropurpurea mt.

A análise filogenética baseada nos genomas completos de Morus e de outras 28 espécies reflete um estatuto evolutivo e taxonómico exato.

Conclusão: Verificámos que o genoma da espécie Morus mt é circular, sendo que o M. multicaulis tem um comprimento de 361.546 pb. 54 genes, incluindo 31 genes codificadores de proteínas, 20 genes de tRNA e 3 genes de rRNA. Além disso, verificou-se que o M. atropurpurea tinha um comprimento de 395.412 pb. Além disso, um total de 57 genes contém 32 genes codificadores de proteínas, 22 tRNA e 3 rRNA foram anotados no genoma. Os resultados fornecerão uma compreensão abrangente do genoma do Morus mt e poderão ajudar em estudos futuros e no melhoramento de variedades de amoreira.