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Abstrato
Breve comentário sobre: Sobre a previsão de preferências de ligação ao ADN de domínios C2H2-ZF usando modelos estruturais: aplicação em CTCF humanos
Alberto Meseguer, Rubén Molina-Fernández, Narcis Fernández-Fuentes, Oriol Fornes*, Baldo Oliva*
No trabalho intitulado “On the prediction of DNA binding preferences of C2H2-ZF domains using structural models: application in human CTCF” apresentamos um novo método computacional para prever as preferências de ligação ao DNA para o dedo de zinco Cis2-His2 (C2H2 -ZF ) domínios proteicos a partir da sua sequência ou estrutura de aminoácidos. O método utiliza as estruturas dos complexos proteína-ADN para calcular um conjunto de potenciais estatísticos baseados no conhecimento. Dado o baixo número de complexos proteína-ADN com estrutura conhecida, complementamos o conjunto de estruturas com interações experimentais levedura-um-híbrido de mais de 170.000 domínios C2H2-ZF desenhados em sequência. Implementámos um servidor para modelar a estrutura de qualquer complexo proteína-ADN desta família e derivar a sua Matriz de Peso de Posição teórica com base nos melhores escores de interações calculados com os potenciais estatísticos. A abordagem é validada e aplicada à sequência humana de CTCF.