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Abstrato
Rastreio fora do alvo de RNA de interferência usando análise de componentes principais
Jakob Muller, Michael W. Pfaffl
Os efeitos off-target continuam a ser o principal problema em qualquer aplicação de knockdown de RNAi. Ao lançar estudos de perda de função em cultura celular avaliados por mapa de calor e análise de componentes principais (PCA), percebemos que os gráficos derivados de PCA podem visualizar claramente os efeitos fora do alvo. Devido à inexistência de efeitos off-target no nosso modelo de cultura celular, criámos um modelo de dados in silico para demonstrar como o PCA pode ser utilizado. Com a modulação in silico apresentada é possível simular o impacto de vários tratamentos na alteração da expressão génica. Os efeitos conhecidos causados pelo tratamento medicamentoso ou por knockdowns inseridos podem ser claramente separados dos efeitos desconhecidos fora do alvo. Ao criar vários conjuntos de dados de expressão genética randomizados, demonstramos que o PCA pode atribuir um efeito fora do alvo mais eficaz em comparação com um padrão de regulação genética de mapa de calor.