Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Funcionalidade preditiva de bactérias em produtos lácteos fermentados naturalmente da Índia utilizando pipelines PICRUSt2 e Piphillin

H. Nakibapher Jones Shangpliang, Jyoti Prakash Tamang*

Os produtos lácteos naturalmente fermentados (NFM) são iguarias alimentares populares nos estados indianos de Sikkim e Arunachal Pradesh. As comunidades bacterianas nestes produtos NFM da Índia foram previamente analisadas pelo método de sequência de alto rendimento. No entanto, a funcionalidade genética preditiva dos produtos NFM da Índia não foi estudada. Neste estudo, as sequências brutas de produtos NFM de Sikkim e Arunachal Pradesh foram acedidas a partir do servidor de base de dados MG-RAST/NCBI. As ferramentas PICRUSt2 e Piphillin foram aplicadas para estudar a predição de genes funcionais microbianos. Os KOs normalizados por MUSiCC e as vias KEGG mapeadas tanto a partir de PICRUSt2 como de Piphillin resultaram numa maior percentagem do primeiro em comparação com o último. Embora as características funcionais tenham sido comparadas a partir de ambos os pipelines, houve diferenças significativas entre as previsões. Assim sendo, uma apresentação consolidada de ambos os algoritmos apresentou uma visão geral dos perfis funcionais preditivos associados à microbiota dos produtos NFM da Índia.