Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Previsão de padrões estruturais de interesse a partir da sequência primária de proteínas através do alfabeto estrutural: ilustração para a previsão do local de ligação de ATP/GTP

Christelle Reynes, Leslie Regad, Robert Sabatier e Anne-Claude Camproux

A previsão de motivos estruturais particulares associados a funções biológicas ou à estrutura é de extrema importância. Dada a crescente disponibilidade de sequências primárias sem qualquer informação estrutural, as previsões das sequências de aminoácidos (AA) são essenciais. O método de previsão proposto de motivos estruturais é uma abordagem de dois passos baseada num alfabeto estrutural. Este alfabeto permite codificar qualquer estrutura 3D numa sequência 1D de letras estruturais (SL). Em primeiro lugar, as regras básicas de correspondência entre AA e SL são aprendidas através da programação genética. De seguida, é aprendido um modelo oculto de Markov para cada motivo de interesse previamente identificado. Por fim, é fornecida uma probabilidade de corresponder a um determinado motivo 3D para qualquer sequência de aminoácidos. O método é aplicado em locais de ligação de ATP para comparar a eficiência do nosso método com outros para uma função clássica. De seguida, é ilustrada a capacidade do método para aprender motivos correspondentes a funções previstas mais raramente ou a outro tipo de motivos.