Biologia e Medicina

Abstrato

Reconstrução da filogenia das enzimas conjugadoras de ubiquitina (E2)

Muhummadh Khan, Kaiser Jamil

A reconstrução da filogenia tem atraído muita atenção por parte de biólogos e informáticos a partir de dados de ordem genética nos últimos anos. A ubiquitina está difundida nos eucariotas e desempenha um papel fundamental na degradação seletiva de proteínas dependente de ATP nas células. Também é altamente expresso em vários tipos de cancro. Assim, de forma a compreender a sua diversificação em eucariotas, realizámos este estudo para determinar a sua filogenia utilizando vários métodos computacionais. Todas as sequências da enzima conjugadora da Ubiquitina foram extraídas da base de dados de proteínas (PDB), e utilizando o método MaximumLikelihood implementado em PHYML e foi construída a árvore filogenética não enraizada. Esta árvore tinha quatro clusters principais e um minicluster. Calculámos a divergência para os agrupamentos do gene a partir da alteração específica do local de importância funcional na evolução da sequência proteica. A divergência foi então mapeada na estrutura 3-D da proteína ube2c obtida a partir da base de dados PDB: (IL7K) utilizando o RASMOL. Deste estudo, concluímos que conseguimos apontar os locais exatos onde está a ocorrer a evolução ativa dos E2s e é evidente que estes locais estão sujeitos a uma forte seleção purificadora. Prevemos que esta informação teria algumas implicações úteis na neoplasia, uma vez que existem relatos de que mutações nesta proteína são susceptíveis de promover a progressão tumoral.