Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

PGR: Um novo repositório gráfico de estruturas 3D de proteínas

Wajdi Dhifli e Abdoulaye Baniré Diallo*

A teoria dos grafos e a mineração de grafos constituem campos ricos de técnicas computacionais para estudar as estruturas, topologias e propriedades dos grafos. Estas técnicas constituem um bom trunfo em bioinformática se existirem métodos eficientes para transformar dados biológicos em gráficos. Neste artigo, apresentamos o Protein Graph Repository (PGR), uma nova base de dados de estruturas 3D de proteínas transformadas em grafos, permitindo a utilização de um grande repertório de técnicas de teoria de grafos na mineração de proteínas. Este repositório contém representações gráficas de todas as estruturas 3D de proteínas atualmente conhecidas descritas no Protein Data Bank (PDB). O PGR também fornece um conversor online eficiente de estruturas 3D de proteínas em gráficos, descrição biológica e baseada em gráficos, atributos e estatísticas de gráficos de proteínas pré-computados, visualização de cada gráfico de proteínas, bem como ferramenta de pesquisa de similaridade de proteínas baseada em gráficos. Este repositório apresenta um enriquecimento das bases de dados online existentes que ajudará a preencher a lacuna entre a mineração de gráficos e a análise da estrutura proteica. Os dados e características do PGR são únicos e não estão incluídos em qualquer outra base de dados de proteínas. O repositório está disponível em http://wjdi.bioinfo. uqam.ca/