Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Algoritmo NW e modelação ANFIS na similaridade de alinhamento da proteína triplex do capsídeo do vírus herpes simplex humano

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey e Amarpal Singh

A semelhança ideal de sequência de proteínas do capsídeo triplex do vírus herpes simplex humano (HHV) é um problema bioinformático complexo, que é controlado por algoritmos de alinhamento, matriz de substituição, penalização de lacunas e extensão de lacunas. É necessária uma escolha precisa da matriz de mutações para otimizar a similaridade de alinhamento e a abordagem computacional apropriada necessária para a pesquisa de similaridade. O presente artigo utiliza a abordagem Adaptive Neuro-Fuzzy Inference System (ANFIS) para modelar e simular a semelhança de alinhamento para matrizes de substituição PAM e Blosum. A matriz de mutações e as sequências de HHV-I e HHV-II foram tomadas como parâmetros de entrada do modelo. O modelo é a combinação de inferência difusa, rede neural artificial e um conjunto de regras difusas que foi desenvolvido diretamente a partir da análise computacional utilizando o algoritmo NW. A abordagem de modelação proposta é verificada através da comparação dos resultados esperados com os resultados práticos observados obtidos por análise computacional sob condições específicas. A aplicação do teste ANFIS mostra que a matriz de substituição prevista por um modelo proposto está totalmente de acordo com os valores experimentais ao nível de significância de 0,5%.