Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Desenho de motivos para nitrilases

Nikhil Sharma e Tek Chand Bhalla

A nitrilase é uma das enzimas metabolizadoras de nitrilos que catalisa a conversão de nitrilos em ácidos correspondentes, que tem ganho importância na química verde. A nitrilase, sendo específica do substrato, mas actua sobre uma vasta gama de nitrilos (alifáticos/aromáticos), tem chamado a atenção devido à sua utilidade nas hidrólises leves. A maioria das nitrilases reportadas até ao momento foram extraídas fisicamente caracterizadas de fontes microbianas/vegetais. De forma a identificar sequências para as nitrilases, foram desenhados dois grupos de motivos, nomeadamente, o motivo de nitrilase alifática (MDMAl) e o motivo de nitrilase aromática (MDMAr), cada um com quatro motivos pertencentes especificamente à nitrilase com tríade catalítica conservada (Glu- 48, Lys-131, Cys- 165) que pode ser utilizado como marcador para a nitrilase. As regiões conservadas foram identificadas através da realização de Alinhamento de Sequências Múltiplas (MSA) usando EM Múltiplo para Elicitação de Motivos (MEME). Os Motivos Projetados Manualmente (MDM’s) foram validados pela ScanProsite e a sua presença é também confirmada pela PRATT, Gblocks e MEME. A investigação do ScanProsite contra o MDMAr exibiu algumas novas fontes de nitrilase aromática de plantas, animais e micróbios, enquanto o MDMAl exibiu apenas nitrilase de micróbios. Para além de identificar motivos únicos para confirmar a sua especificidade de substrato para as nitrilas, foram validadas sequências selecionadas aleatoriamente através do estudo de alguns parâmetros físico-químicos importantes e de aminoácidos específicos de posição.