Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Modelação Molecular e Simulação da Estomatina Humana e Previsões para a sua Associação de Membrana

Yosuke Kondo, Hideshi Yokoyama, Ikuo Matsui e Satoru Miyazaki

A estomatina é uma proteína de membrana dos glóbulos vermelhos humanos. A estrutura cristalina, na qual a estomatina monomérica do arqueão hipertermófilo Pyrococcus horikoshii consiste no domínio α/β e no segmento α-helicoidal C-terminal, forma um homotrímero, e a estomatina está organizada noutros complexos homo-oligoméricos de alta ordem, compreendendo 9 a 12 meros. Para melhor compreender as funções moleculares da estomatina, deve ser validada a hipótese de como a estomatina humana se oligomeriza e se associa às membranas celulares. Aqui, reportamos quais as conformações que podem ser geradas a partir da estrutura da estomatina, estimando a flexibilidade dos segmentos α-helicoidais da estomatina humana. E também simulámos como a estrutura oligomérica da estomatina humana interage com as membranas celulares. Os resultados mostraram que os segmentos α-helicoidais podem realizar movimentos flexíveis; o segmento α-helicoidal e o domínio α/β do monómero podem formar uma estrutura plana, e os segmentos α-helicoidal do trímero podem aproximar-se das membranas lipídicas. Com base na estrutura plana da estomatina humana, propusemos um modelo oligomérico hipotético para interagir com a superfície das membranas celulares. O modelo oligomérico explica bem as funções da estomatina como proteína de suporte para suportar a membrana celular.