Jornal de Bacteriologia e Parasitologia

Abstrato

Genómica comparativa microbiana: uma visão geral das ferramentas e insights sobre o género Corynebacterium

Amjad Ali, Siomar C Soares, Eudes Barbosa, Anderson R Santos, Debmalya Barh, Syeda M. Bakhtiar, Syed S. Hassan, David W Ussery, Artur Silva, Anderson Miyoshi e Vasco Azevedo

A sequenciação de nova geração (NGS) tornou possível fornecer sequências completas do genoma de organismos patogénicos e comercialmente significativos em tempo limitado e com um custo mínimo. A genómica comparativa computacional é necessária, uma vez que sequenciamos milhares de organismos todos os dias, mas o nosso conhecimento de acompanhamento é ainda muito limitado. No entanto, a informação genómica de um único genoma é insuficiente para fornecer informação sobre o estilo de vida e uma visão alargada do conjunto genético de uma espécie. Os genomas múltiplos poderiam enriquecer a nossa compreensão do parentesco e das variações nos organismos. Consequentemente, a análise genómica comparativa continua a ser uma ferramenta poderosa para identificar genes ortólogos em espécies, presença e ausência de genes específicos, sinais evolutivos e
regiões candidatas associadas à patogenicidade. Além disso, as estratégias pangenómicas, juntamente com a genómica subtrativa, ajudam a destacar as relações inter e intraespécies, o núcleo conservado e o pan-genoma para caracterizar os fatores de virulência, os alvos dos medicamentos e as vacinas candidatas. Neste artigo, apresentamos uma visão geral dos pré-requisitos da genómica comparativa microbiana: tecnologias de sequenciação, ferramentas de alinhamento, pipelines de anotação, bases de dados e recursos, ferramentas e estratégias de visualização e genómica comparativa. Por fim, apresentamos insights baseados em análises genómicas e funcionais comparativas e descobertas recentes no género Corynebacterium.