Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

mBLAST: Acompanhamento da Explosão de Sequenciação para Análise do (Meta) Genoma

Curtis Davis, Karthik Kota, Venkat Baldhandapani, Wei Gong, Sahar Abubucker, Eric Becker, John Martin, Kristine M. Wylie, Radhika Khetani, Matthew E. Hudson, George M. Weinstock Weinstock e Makedonka Mitreva

Os recentes avanços nas tecnologias de sequenciação de nova geração exigem algoritmos de alinhamento e software que possam acompanhar o aumento da produção de dados. Os algoritmos padrão, especialmente pesquisas por similaridade de proteínas, representam estrangulamentos significativos nos pipelines de análise. Para abordagens metagenómicas em particular, é agora frequentemente necessário pesquisar centenas de milhões de leituras de sequências em grandes bases de dados. Aqui descrevemos o mBLAST, um algoritmo de pesquisa acelerada para alinhamentos traduzidos e/ou proteicos para grandes conjuntos de dados com base na Ferramenta Básica de Pesquisa de Alinhamento Local (BLAST) e mantendo a alta sensibilidade do BLAST. Os algoritmos mBLAST conseguem uma velocidade substancial em relação aos programas BLASTX, TBLASTX e BLASTP do Centro Nacional de Informação sobre Biotecnologia (NCBI) para grandes conjuntos de dados, permitindo análises dentro de prazos razoáveis ​​em arquiteturas de computadores padrão. Neste artigo, o impacto do mBLAST é demonstrado com sequências originárias da microbiota de humanos saudáveis ​​do Projeto Microbioma Humano. O mBLAST foi concebido como um plug-in substituto do BLAST para qualquer estudo que envolva sequências de leitura curta e inclua análise de alto rendimento. O software mBLAST está disponível gratuitamente para utilizadores académicos em www.multicorewareinc.com.