Jornal de Pesquisa e Desenvolvimento em Aquicultura

Abstrato

Introdução ao estabelecimento da análise comparativa das sequências do gene 16S rRNA com amoA e nxrA para bactérias nitrificantes isoladas do pântano de East Kolkata: um sítio Ramsar internacional

Saha M, Sarkar A e Bandhohadhyay B

O ciclo do nitrogênio é o mais complexo e muito importante para a vida na Terra. Bactérias nitrificantes que realizam o processo de ciclagem de nitrogênio desempenham um papel vital no controle da qualidade da água, portanto, criar um banco de dados de impressão digital genômica para vigilância e monitoramento da variabilidade genética de bactérias nitrificantes é muito importante e também para estabelecer um protocolo de biossegurança para as Bheries localizadas em diferentes áreas de Bengala Ocidental. As relações evolutivas atuais e a diversidade natural de bactérias oxidantes de amônia (AOB) e bactérias oxidantes de nitrito (NOB) são baseadas principalmente em análises de sequência comparativas de seus genes que codificam o 16S rRNA e o polipeptídeo do sítio ativo da amônia monooxigenase (AmoA) e nitrito oxidorredutase (NxrA) no East Kolkata Wetland. Este estudo estendeu significativamente os bancos de dados 16S rRNA e amoA para AOB, bancos de dados nxrA para NOB. Portanto, qualquer um dos marcadores funcionais (amoA ou nxrA) pode ser usado para rastrear oxidantes de amônia ou o marcador estrutural (16S rDNA) pode ser usado para rastrear espécies específicas em estudos ambientais. Essas técnicas incluíram o uso de genes 16S rDNA para caracterizar populações naturais de AOB e NOB e para analisar suas características taxonômicas e filogenéticas. A percepção atual da filogenia de AOB e NOB estabelecida pela análise comparativa da sequência 16S rRNA pode ser confirmada independentemente explorando os genes amoA e nxrA e provada como um marcador filogenético alternativo. O objetivo do nosso trabalho é investigar o potencial do gene da subunidade A da monoxigenase de amônia (amoA) e do gene da oxidorredutase de nitrito (nxrA) como marcadores funcionais para AOBs e NOBs, juntamente com a análise da sequência 16S rDNA em EKW. Para vigilância ecológica, genes como amoA e nxrA específicos para bactérias nitrificantes sob o trabalho de pesquisa atual podem ser uma ferramenta mais confiável.