Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Exploração de Rede Interactiva no Processo Kdd, Contributos no Estudo da Variabilidade Populacional de um Fijivírus do Milho

Mario Alejandro Garcia, Maria de la Paz Gimenez Pecci, Juan Bautista Cabral, Adrian Nieto Castillo e Irma Graciela Laguna

A variabilidade genética dos indivíduos da mesma espécie pode ser estudada através de redes que representam as distâncias genéticas entre eles. Estudámos o caso do vírus Mal de Rio Cuarto (MRCV), definindo medidas de distância entre perfis genómicos de diferentes indivíduos e criando uma rede de haplótipos. Foram analisadas as propriedades topológicas da rede e esta foi examinada em duas dimensões, formando ambientes espaço-temporais. O exame levou à observação de que, nas primeiras colheitas testadas, o número de haplótipos e a distância entre eles foi maior do que nas colheitas seguintes. Foi calculado um indicador de variabilidade para cada ambiente e comparado com o seu valor esperado, confirmando a observação feita durante o exame e concluindo que a variabilidade do vírus diminuiu após a ocorrência de uma epidemia durante o ano agrícola de 1996-97. É apresentada uma análise da variabilidade do MRCV através de redes de haplótipos. Propomos a utilização desta ferramenta, pouco comum nos processos KDD, trazendo uma nova abordagem que aborda os conceitos de representação de conhecimento, modelação estruturada de dados, visualização, exploração e descoberta interativa.
A principal contribuição deste caso para o processo KDD é a proposta de exploração interactiva de redes, que se revelou intuitiva e de fácil aplicação para análise.