Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Insights sobre a família de genes PPR em Cajanus Cajan e outras espécies de leguminosas

Parampreet Kaur, Mohit Verma, Pavan K Chaduvula, Swati Saxena, Nikita Baliyan, Alim Junaid, Ajay K Mahato, Nagendra Kumar Singh e Kishor Gaikwad*

As proteínas PPR são compostas por várias centenas de membros entre as plantas terrestres e governam uma fascinante gama de funções nos genomas organolares que vão desde a participação na estabilização de transcritos organogénicos, edição de RNA até à restauração da fertilidade das linhagens CMS. Apesar da disponibilidade de sequências genómicas de diversas espécies de leguminosas, a catalogação abrangente dos membros da família de genes PPR não foi realizada. No presente estudo, identificámos 523, 830, 534, 816, 441 e 677 proteínas PPR nos genomas de Cajanus, Glicina, Phaseolus, Medicago, Vigna e Cicer, respetivamente, e a sua categorização in silico completa foi realizada para as classificar em vários sub - classes e a sua previsão de localização. As coordenadas cromossómicas de 271 genes PPR de Cajanus foram previstas e os seus homólogos foram identificados em 5 outras leguminosas, revelando uma extensa conservação do genoma. Os genes PPR de todas as 6 espécies de leguminosas foram ainda investigados para identificar restauradores de PPRs semelhantes à fertilidade (RFLs) com base no agrupamento de proteínas e seguidos por pesquisas de homologia com genes Rf-PPR já conhecidos. Setenta genes RFL PPR (subclasse P) foram identificados e examinados por análise filogenética que revelou uma extensa semelhança e características comuns partilhadas por estes RFL em todas as espécies. Alguns destes PPRs RFL estavam presentes como pequenos aglomerados nos genomas de Glicina, Phaseolus, Vigna e Cicer. Este estudo gerou uma base de conhecimento sobre a família de genes PPR em leguminosas e abre vários caminhos para futuras investigações sobre as suas funções moleculares, relações evolutivas e o seu potencial na identificação de marcadores para permitir a clonagem de genes Rf.