Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Análise baseada em Imex de sequências repetidas em genomas de flavivírus , incluindo vírus da dengue

Chaudhary Mashhood Alam, Asif Iqbal, Babita Thadari e Safdar Ali

As repetições de sequência simples (SSRs), também conhecidas como microssatélites, são motivos de repetição de 1 a 6 nucleótidos, presentes num número variável de iterações, em regiões codificantes e não codificantes de procariontes, eucariotas e vírus. O presente estudo centra-se nas repetições de sequência simples (SSRs) em 27 genomas de flavivírus, que incluem o vírus da dengue. A genómica viral comparativa à luz dos SSRs ajudar-nos-ia a compreender a diversidade e adaptabilidade a novos hospedeiros. Um total de 1.164 SSRs e 53 cSSRs foram descobertos nos 27 genomas estudados. O mononucleotídeo A foi o motivo de repetição mais prevalente, com uma distribuição média de cerca de 6. Seguiu-se o G (distribuição média de 2). Entre os dinucleotídeos, o motivo de repetição AG/GA foi o mais prevalente, com uma distribuição média de 14 entre os genomas estudados. Os genomas dos Flavivírus careciam de duas características essenciais responsáveis ​​pela evolução do genoma, motivo de repetição de dinucleotídeos AT/TA (menos representado com uma distribuição média de ~0,5) e cSSR em regiões não codificantes, sugerindo um genoma estável ou evolução por mecanismos até então inexplicáveis. A revelação de sequências conservadas nos isolados do vírus da Dengue sugere uma base para o desenvolvimento de biomarcadores para o diagnóstico viral.