Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Previsão funcional in Silico e análise de expressão em resposta ao stress hídrico da família de genes da proteína macrófaga associada à resistência natural ( NRAMP ) no milho

Md. Golam Rabby, Md. Mostafa Kamal, Md. Sakib Hasan, Md. Mossabbir Hossain, Md. Numan Islam*

As proteínas dos macrófagos associadas à resistência natural ( NRAMPs ) funcionam nas plantas como transportadores de transição metálica para manter a homeostasia dos metais. A identificação genómica e a predição funcional dos NRAMPs do milho ainda não foram estudadas. A análise genómica identificou sete proteínas (ZmNRAMP1, ZmNRAMP2, ZmNRAMP3, ZmNRAMP4, ZmNRAMP5, ZmNRAMP6, ZmNRAMP7 ) em milho com um peso molecular de 29,08 ( ZmNRAMP2 ) a 63,20 ( ZmNRAMP5 ) kDa. Exceto ZmNRAMP1 e ZmNRAMP3, todos os ZmNRAMPs são proteínas essenciais (pontos isoelétricos superiores a 7). O número de intrões nos ZmNRAMPs varia de 1 a 13, o que é quase consistente entre os grupos filogenéticos (A e B) entre o milho e a Arabidopsis. Todas as proteínas apresentaram múltiplos motivos (variando de 6 a 10) que foram consistentes entre os grupos entre o milho e a Arabidopsis. Também conduzimos domínios transmembranares, elementos reguladores cis, mapeamento cromossómico e anotação de ontologia genética que revelou atributos funcionais significativos. A expressão significativamente aumentada de ZmNRAMPs ( ZmNRAMP1, ZmNRAMP2 e ZmNRAMP4 ) em tecidos vegetativos e reprodutivos pode desempenhar um papel essencial na absorção, transporte e homeostasia de metais pesados. Durante o stress hídrico, a regulação positiva significativa de cc ( ZmNRAMP1, ZmNRAMP2, ZmNRAMP4 e ZmNRAMP7 ) pode desempenhar um papel na tolerância à seca ou na aclimatação no milho.