Jornal de pesquisa e terapia com células-tronco

Abstrato

Identificação e análise de padrões de SNPs envolvidos no cancro colorretal

Praneti Patidar e Jyoti Bhojwani

O cancro colorretal (CCR) é a segunda principal causa de mortes relacionadas com o cancro em todo o mundo, representando um risco ao longo da vida de 80-100% para cada indivíduo. A genética e os mecanismos relevantes subjacentes a algumas vias de sinalização importantes, como o Wnt, TGF, p53, K-ras, etc., desempenham um papel prejudicial na regulação da predisposição para o CCR. Uma elevada percentagem de tumores colorretais (adenomas e carcinomas) apresentam mutações ativadoras na beta-catenina ou axina, enquanto a perda de certos genes supressores de tumor (ETGs), como o APC, provoca o aparecimento de pólipos aleatórios no cólon. Todas estas moléculas, aliás, são componentes críticos de uma via de sinalização Wnt evolutivamente conservada, que é fundamental em vários momentos do desenvolvimento desta doença. As diferenças nos perfis de SNP entre grupos de amostras no cenário genómico podem ser reconhecidas através da utilização inteligente e eficiente de técnicas de aprendizagem automática. Curiosamente, as estatísticas e análises de padrões destes perfis de SNP fornecem-nos uma plataforma concreta e lógica sobre a qual as contribuições relativas de cada SNP único, variando “da causa ao efeito”, podem ser avaliadas significativamente. A relevância biológica destas variações de SNP no que diz respeito à predição e predisposição do cancro, no entanto, continua por resolver, enquanto se aguarda uma melhor compreensão do impacto do desenho de controlo racional em estudos de SNP. Os nossos resultados emergentes das análises de SNPs significativos aqui relatados demonstram a utilidade de ferramentas bioinformáticas relevantes e técnicas de aprendizagem automática na discriminação de populações doentes com base em dados realistas de SNP. Neste estudo, visamos principalmente membros críticos da via de sinalização Wnt, que desempenham papéis importantes no desenvolvimento durante diferentes fases do cancro colorretal, retratando uma clássica “natureza multigénica de múltiplos passos” do cancro. Identificámos e relacionámos variantes genéticas comuns para os membros de “ação precoce” e “de ação tardia” desta via, que são mais prevalentes em doentes com doença CCR, aproveitando o poder das ferramentas da biologia do desenvolvimento. Além disso, relações e correlações complexas escondidas em grandes conjuntos de dados foram aqui escavadas e analisadas, através da implementação de várias técnicas de datamining (bioinformática). O relatório discute o alcance de tal abordagem combinatória, identificando alguns potenciais candidatos a alvos terapêuticos, em investigação translacional e intervenções de medicina clínica.