Bioquímica e Bioquímica Analítica

Abstrato

Human.miRFFL.DB: um recurso com curadoria para redes co-reguladoras de miRNA humano e circuitos reguladores associados

Pankaj Khurana*, Rajeev Varshney, R Sugadev

A regulação genética é vista como um processo complexo onde os elementos reguladores e os seus alvos formam interações de rede altamente complexas, afetando assim a fisiologia biológica normal e também o início e o progresso da doença. Os fatores de transcrição (TF) e o microRNA (miRNA) são reguladores transcricionais e pós-transcricionais fundamentais da expressão genética que controlam importantes processos biológicos. Nos últimos anos, muitos estudos de alto rendimento revelaram que as complexas interações regulatórias são mediadas pela complexa interação entre o miRNA e o TF que regulam um gene alvo (TG) em conjunto. Os MiRNAs e TFs também são conhecidos por se regularem uns aos outros. Este complexo mecanismo co-regulador pode ser representado sob a forma de rede co-reguladora miRNA:TF:TG. Esta rede pode ser utilizada para identificar vários pequenos subgrafos recorrentes conhecidos como circuitos reguladores. Um destes circuitos reguladores, também designado por Feed-Forward Loops (FFLs), é um padrão de três nós composto por um miRNA e um TF, um dos quais regula o outro e ambos regulam conjuntamente um TG. Estes circuitos reguladores têm-se mostrado úteis na elucidação da complexa interação da regulação genética durante muitas condições fisiológicas e patológicas.

Human.miRFFL.DB é um recurso integrado abrangente para redes co-reguladoras dirigidas de miRNA:TF:TG humano e os seus circuitos reguladores associados. Scripts internos baseados no princípio da teoria dos grafos foram utilizados para identificar ambos os tipos de motivos FFL, ou seja, miRNA-FFL e TF-FFL. A base de dados fornece adicionalmente uma visualização interactiva das redes co-reguladoras e FFLs associadas. Human.miRFFL.DB pode ser utilizado como uma referência abrangente e pronta a utilizar para redes co-reguladoras de miRNA:TF:TG humanas e FFLs associados para desencriptar interações celulares complexas destas biomoléculas reguladoras. Human.miRFFL.DB está disponível online em http://mirffldb.in/human/