Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Modelação por homologia de sequências de aminoácidos rbcL conservadas na família Leguminosae

Sagar S Patel, Megha B Vaidya e Dipti B Shah

Este estudo centra-se na modelação por homologia de algumas espécies da família Leguminosae encontradas no estado de Gujarat, ÍNDIA. Existem três subfamílias da família Leguminosae que são Fabaceae (Papilionaceae), Caesalpiniaceae e Mimosaceae. Alinhamento de sequências múltiplas realizado a partir de sequências proteicas rbcL de poucas espécies em cada subfamília e aminoácidos conservados considerados para a modelação de homologia. As proteínas evolutivamente relacionadas têm sequências semelhantes e as proteínas homólogas que ocorrem naturalmente têm uma estrutura proteica semelhante. Foi demonstrado que a estrutura tridimensional da proteína é evolutivamente mais conservada do que seria esperado apenas com base na conservação da sequência; verificámos que existem poucos aminoácidos comuns com os mesmos pares de bases em cada subfamília, embora sejam de géneros diferentes. Não existe nenhuma estrutura proteica disponível de aminoácidos conservados na base de dados PDB do nosso estudo, pelo que fizemos a modelação de homologia de três sequências proteicas rbcL (uma de cada subfamília) que se encontram conservadas em Alinhamento de sequências múltiplas e validação de estrutura com Ramachandran O Plot foi realizado e o servidor CASTp foi utilizado para descobrir sítios ativos na estrutura proteica prevista e, finalmente, a função de cada proteína prevista reportada após esta modelação de homologia de poucas sequências de aminoácidos rbcL conservadas na família Leguminosae.