Jornal de Bacteriologia e Parasitologia

Abstrato

Genotipagem e análise filogenética do VHB por meio de PCR multiplex usando pares de primers específicos do tipo na população paquistanesa

Javed Iqbal, Abida Raza e Jabar Zaman Khan Khattak

Contexto: O vírus da hepatite B, que causa carcinoma hepatocelular agudo e crônico, é um sério problema de saúde que afeta mais de 350 milhões de pessoas no mundo todo. Geograficamente, nove genótipos do HBV foram identificados até agora. Quatro quadros de leitura abertos denominados (ORF P, S, F e X) o tornam alvo específico de células de hepatócitos. Além disso, o processo de transcrição reversa presente no ciclo de vida do HBV causou taxas de mutação quatro vezes maiores em comparação ao adenovírus. As diferenças estruturais e funcionais entre os genótipos do HBV são a base para a gravidade, complicações, tratamento e possivelmente vacinação contra o vírus. A genotipagem da hepatite B é importante para avaliar suas implicações clínicas e distribuição geográfica, mas os subgenótipos foram considerados úteis para a determinação de marcadores genômicos específicos relacionados à hepatocarcinogênese e terapias médicas. No Paquistão, não há dados relatados disponíveis sobre análise evolutiva molecular do HBV. Um estudo era, portanto, muito necessário para avaliar os espectros de cepas dominantes prevalentes aqui.

Objetivos: Este estudo teve como objetivo descobrir a prevalência de genótipos do VHB entre a população do Paquistão. Nesta pesquisa, focamos em descobrir as novas cepas e subgenótipos do VHB. O Paquistão é um dos países endêmicos do VHB, mas não há dados sobre subgenótipos e sua recombinação ou a relação filogenética do vírus endêmico no país. O presente estudo foi realizado nessa perspectiva. Este estudo ajudará futuros pesquisadores a estudar alguns outros aspectos das cepas relacionadas ao VHB no Paquistão e também sobre suas terapias médicas.

Local e duração do estudo: O presente estudo foi realizado no laboratório de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), Instituto de Medicina Nuclear, Oncologia e Radioterapia [NORI], Islamabad, e as amostras foram coletadas entre setembro de 2012 a fevereiro de 2014.

Desenho do estudo: Um total de 450 amostras positivas de antígeno de superfície da hepatite B HBsAg e DNA do HBV foram coletadas na primeira etapa durante o período de setembro de 2012 a fevereiro de 2014 e enviadas ao Nuclear Medicine Oncology and Radiotherapy Institute [NORI], para análise posterior. Todas as amostras foram genotipadas pelo método de par de primers de PCR aninhado específico do tipo para 8 genótipos do HBV de A a H. Os pacientes foram selecionados aleatoriamente, independentemente de sua idade e sexo, e um consentimento por escrito (consentimento dos pais em caso de menos de 18 anos de idade) foi obtido. O estudo foi aprovado pelo comitê de revisão ética. Em nossa pesquisa, usamos a técnica de primer específico do tipo para descobrir a cepa dominante em populações paquistanesas e, além disso, sua análise filogenética com sequências de referência recuperadas de bancos de dados do NCBI.

Resultados: Nossos resultados mostraram uma relação direta entre a carga viral e os genótipos identificados e apontaram que o genótipo D é o genótipo mais predominante e prevalece em altas proporções entre todos os genótipos na população paquistanesa. Infecções mistas de genótipos de HBV do genótipo A com B e C, D com B e C constituem cerca de 17 por cento de todas as amostras. Subgenótipos de diferentes cepas de HBV foram identificados com base nas diferenças nas sequências completas de nucleotídeos. Os resultados positivos de PCR foram repetidos duas vezes para confirmação. Além disso, a análise filogenética revelou uma homologia entre nossas sequências relatadas e sequências de referência. O método filogenético mostrou que os genótipos/subgenótipos variam nas áreas geográficas e se correlacionam fortemente com a etnia.

Conclusão: O genótipo D foi identificado e revelou-se o genótipo mais dominante na comunidade paquistanesa, mostrando subgenótipos de D1 e D3 em nosso estudo. Os genótipos A e D estão presentes como coinfecção um com o outro e contribuíram como o segundo grupo genotípico predominante. Além disso, a análise filogenética revelou que os genótipos variam nas áreas geográficas e se correlacionam fortemente com sequências de referência do NCBI.