Bioquímica e Bioquímica Analítica

Abstrato

Análise relativa de todo o genoma do viés de utilização de códons e do padrão de contexto de códons nas bactérias Salinibacter Ruber, Chromohalobacter Salexigens e Rhizobium Etli

Mohammad Samir Farooqi, DC Mishra, Niyati Rai, DP Singh, Anil Rai, KK Chaturvedi, Ratna Prabha e Manjeet Kaur

Códon é a unidade básica para a transmissão de mensagens biológicas durante a síntese proteica num organismo. Codon Usage Bias é o uso preferencial entre códons sinónimos, num organismo. Esta utilização preferencial de um códon sinónimo foi encontrada não só entre espécies, mas também ocorre entre genes dentro do mesmo genoma de uma espécie. Esta variação dos padrões de utilização de códons é controlada por processos naturais como a mutação, a deriva e a pressão. Neste estudo, utilizámos técnicas computacionais e estatísticas para encontrar o viés de utilização de códons e o padrão de contexto de códons de Salinibacter ruber (extremamente halófilo), Chromohalobacter salexigens (halófilo moderado) e Rhizobium etli (não halófilo). Além disso, foi também estudada a variação composicional na frequência de aminoácidos traduzidos, o número efetivo de códons e os códons ideais. Um gráfico de ENc versus GC3s sugere que tanto o viés de mutação como a seleção traducional contribuem para estas diferenças de viés de códon. No entanto, o enviesamento de mutação é a força motriz dos padrões de utilização de códons sinónimos em bactérias halófilas (Salinibacter ruber e Chromohalobacter salexigens) e a seleção traducional parece afetar o padrão de utilização de códons em bactérias não halófilas (Rhizobium etli). A análise de correspondência do uso relativo de códons sinónimos revelou diferentes grupos de genes variando em número nas bactérias em estudo. Além disso, o padrão de contexto do códon também foi visto como variável nestas bactérias. Estes resultados indicam claramente a variação no padrão de utilização dos codões nestes genomas bacterianos.