Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

A análise de todo o genoma das respostas inflamatórias e anti-inflamatórias agudas em células RAW264 sugere elementos cis associados à regulação traducional

Hiroaki Sako e Katsuhiko Suzuki

A regulação traducional desempenha papéis fundamentais na mediação das respostas inflamatórias. Os glicocorticóides, representados neste estudo pela dexametasona (DEX), são agentes anti-inflamatórios amplamente reconhecidos que exercem efeitos inibitórios significativos na tradução de diversos grupos de genes, incluindo genes inflamatórios. No entanto, a sua regulação é altamente complexa e diversificada, envolvendo regulação transcricional e traducional. Embora a regulação transcricional tenha sido investigada por análises do transcriptoma de todo o genoma, a regulação traducional foi estudada apenas por alguns alvos genéticos específicos (por exemplo, fator de necrose tumoral) e o impacto global dos glicocorticóides nos níveis de tradução foi pouco estudado, principalmente devido à sua dificuldade técnica. Aqui, utilizando o perfil de ribossomas acoplado com sequenciação de mRNA de alto rendimento (mRNA-Seq) no qual as pegadas de ribossomas de tradução podem ser capturadas, conduzimos uma análise transcricional e translacional genómica das respostas inflamatórias ou anti-inflamatórias agudas das células RAW264 estimuladas por lipopolissacárido (LPS) ou LPS acoplado com DEX (LPS + DEX). Mostrámos que a maior parte da regulação diferencial entre o LPS isolado e o LPS + DEX foi predominada pelos níveis de tradução e não pelos níveis de transcrição. Análises adicionais sobre os agrupamentos de genes regulados para cima e para baixo revelaram supostos elementos reguladores cis exclusivamente enriquecidos na 3’-UTR de genes regulados para cima ou para baixo induzidos por LPS + DEX. Os resultados implicam uma alternativa aos mecanismos actualmente reconhecidos de regulação traducional induzida por glicocorticóides na resposta inflamatória aguda das células RAW264.