Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

A mineração do genoma e a análise genómica comparativa de cinco estafilococos coagulase-negativos (SNC) isolados do cólon e da vesícula biliar humanos

Ramesan Girish Nair, Gurwinder Kaur, Indu Khatri, Nitin Kumar Singh, Sudeep Kumar Maurya, Srikrishna Subramanian, Arunanshu Behera, Divya Dahiya, Javed N Agrewala e Shanmugam Mayilraj

Sabe-se que os estafilococos coagulase-negativos (SNC) causam tipos distintos de infeções em humanos, como endocardite e infeções do trato urinário (ITU). Surpreendentemente, faltam dados de análise do genoma na literatura contra o SNC, particularmente de origem humana. Perante isto, realizámos a mineração do genoma e a análise genómica comparativa de estirpes do SNC Staphylococcus cohnii subsp. cohnii estirpe GM22B2, Staphylococcus equorum subsp. estirpe equorum G8HB1, estirpe de Staphylococcus pasteuri BAB3 isolada da vesícula biliar e estirpe de Staphylococcus haemolyticus 1HT3, estirpe de Staphylococcus warningeri 1DB1 isolada do cólon. Identificámos 29% de determinantes de virulência partilhados nas estirpes do SNC que envolviam resistência a antibióticos e compostos tóxicos, bacteriocinas e peptídeos sintetizados ribossomicamente, adesão, invasão, resistência intracelular, regiões profágicas, ilhas de patogenicidade. 10 fatores de virulência únicos envolvidos na adesão, regulação negativa da transcrição, resistência ao cobre e ao cádmio e maturação dos fagos também estiveram presentes nas nossas estirpes. Para além de compararmos a homologia do genoma, o tamanho e o conteúdo de G + C, também mostramos a presença de 10 genes CRISPR-cas diferentes nas estirpes do SNC. Além disso, a anotação baseada em KAAS revelou a presença de genes do SNC em diferentes vias envolvidas na doença humana. Em conclusão, este estudo é uma primeira tentativa de desvendar a patogenia do SNC isolado de dois órgãos distintos do corpo e destaca a importância do SNC como um agente patogénico emergente do setor da saúde.