Natalia Ballesteros, Néstor Aguirre, Julio Coll, Sara I Pérez-Prieto e Sylvia Rodríguez Saint-Jean
A maioria dos dados de vias de regulação genética de experimentos bioquímicos e moleculares são extraídos de humanos ou de espécies comumente usadas como modelos animais experimentais. Consequentemente, os pacotes de software para analisar esses dados com base em códigos de identificação de genes específicos (IDs) ou números de acesso (AN) não são fáceis de aplicar a outros organismos que são menos caracterizados no nível genômico. Aqui, desenvolvemos o programa Gene2Path que pesquisa automaticamente bancos de dados de vias para analisar dados de microarray de forma independente e específica para cada espécie. Ilustramos o método com dados obtidos de um microarray de truta arco-íris imunologicamente direcionado para pesquisar vias ortólogas definidas para outras espécies biológicas bem conhecidas, como o peixe-zebra, embora o software possa ser aplicado a qualquer outro caso ou espécie de interesse. Os scripts e o programa estão disponíveis e são gratuitos no site “GENE2PATH” http://gene2path.no-ip.org/cgi-bin/gene2path/index.cgi. Um guia do usuário e exemplos são fornecidos com o pacote. O software Gene2Path permite a busca automatizada de bancos de dados do NCBI e a visualização direta dos dados recuperados com base em um ambiente de rede gráfica.