Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Análise do nível de expressão génica e enriquecimento de conjunto de genes de genes hospedeiros

Yosuke Kondo, Satoru Miyazaki

A análise de todo o genoma mostrou que existem RNAs não codificadores de proteínas (ncRNAs) que estão localizados em regiões intrónicas de genes codificadores de proteínas. Os ncRNAs intrónicos estão alojados em íntrons de genes codificadores de proteínas, denominados genes hospedeiros. O nosso estudo anterior relatou características genómicas de genes ncRNA intrónicos e genes hospedeiros. No entanto, as características transcriptómicas dos genes do hospedeiro não foram investigadas. Aqui reportamos a análise do nível de expressão genética dos genes do hospedeiro e investigamos as funções biológicas dos genes do hospedeiro. Os nossos resultados mostraram que os níveis de expressão genética dos genes do hospedeiro tendem a ser mais elevados do que os dos genes não-hospedeiros. Os genes hospedeiros ortólogos entre humanos e ratinhos têm níveis de expressão mais conservados do que os genes ortólogos não hospedeiros. E os genes do hospedeiro com elevados níveis de expressão envolvem o sistema nervoso, a expressão genética, a modificação proteica e o citoesqueleto, enquanto na maioria das vezes não houve funções biológicas enriquecidas nos genes do hospedeiro com baixos níveis de expressão. Estes resultados sugerem que os genes do hospedeiro possuem quantificação de transcritos e funções biológicas características. As características podem ser úteis para a análise adicional das formas regulatórias de expressão do gene do hospedeiro.