Nasstasja Wassilew, Doris Hillemann, Florian P. Maurer, Thomas A. Kohl, Matthias Merker, Folke Brinkmann, Marc Lipman e Katharina Kranzer
Introdução: Um novo ensaio de sonda de linha, o GenoType® NTM DR, foi desenvolvido para identificação de subespécies e detecção de resistência a macrolídeos e aminoglicosídeos em isolados clínicos de Mycobacterium abscessus. Estudamos o desempenho do teste em comparação com o sequenciamento de DNA e o teste de suscetibilidade fenotípica a medicamentos (pDST).
Métodos: 48 isolados clínicos de M. abscessus coletados entre 2015 e 2016 foram identificados até o nível de subespécie e analisados para genótipo erm (41), mutações dos genes rrl e rrs por sequenciamento Sanger. A microdiluição em caldo foi realizada para pDST de Claritromicina e Amicacina. Os resultados foram comparados aos do ensaio GenoType® NTM DR. Os resultados discordantes foram analisados posteriormente por pDST repetido e sequenciamento do genoma completo (WGS).
Resultados: 35 isolados foram identificados como M. abscessus subsp. abscessus, 6 como M. abscessus subsp. bolletii e 7 como M. abscessus subsp. massiliense com base nas sequências rpoB. A concordância dos resultados do GenoType® NTM DR com o sequenciamento Sanger foi de 92% para identificação de subespécies e 100% para os genótipos erm (41), rrl e rrs, respectivamente. Os resultados do GenoType® NTM DR e pDST corresponderam em 98% para resistência à claritromicina e em 96% para resistência à amicacina quando os resultados repetidos do pDST foram levados em consideração.
Conclusão: O novo ensaio GenoType® NTM DR é um teste valioso para identificação de subespécies de isolados de M. abscessus e detecção de mutações definidas que conferem resistência à Amicacina e Claritromicina. Discrepâncias entre o ensaio de sonda de linha e o pDST estão relacionadas principalmente a variações nos resultados de testes fenotípicos.