Tecnologia Genética

Abstrato

A PCR digital de gotículas fornece um método rápido, preciso e económico para a identificação de genótipos de biomarcadores FcÎ3RIIIa-F158V

Paul Griffith, David Sun, Sarah R Tritsch, Caroline Jochems, James L Gulley, Jeffrey Schlom e Xiaolin Wu

O desenvolvimento de novos anticorpos monoclonais, vacinas e terapias contra vírus oncolíticos dependeu da análise de biomarcadores como potenciais preditores de sucesso. Um biomarcador bem estudado é o resíduo do receptor CD16/FcγRIIIa 158 F/V. A identificação de variantes através da genotipagem do locus FcγRIIIa é amplamente praticada e altamente variada com métodos comummente utilizados, incluindo: sequenciação Sanger, citometria de fluxo, PCR/RFLP, Goldengate (substituído por Infinium) e análise TaqMAN. Embora cada um destes métodos tenha um considerável suporte em publicações relacionadas com o CD16 FcγRIIIa 158 F/V, a maioria apresenta deficiências significativas na identificação de homozigotos (tipo selvagem e mutante) e heterozigotos de forma económica e temporal. A utilização de PCR digital de gotículas com sondas específicas FcγRIIIa-F158V resulta na genotipagem precisa utilizando o reconhecimento direto da sequência em amostras genómicas a um custo médio mais baixo e um retorno mais rápido. Aqui demonstramos o uso de ddPCR para identificar com precisão os genótipos FcγRIIIa-F158V com confirmação por sequenciação Illumina em 128 amostras de doentes.