Jornal de Distúrbios do Sangue e Transfusão

Abstrato

Detecção de quimerismo misto de baixo nível usando genotipagem de SNP de alto rendimento

Aleksey Nakorchevsky, Eunice Flores, Li Xiangyang, Tao Hong e Anders Nygren

Os receptores de transplantes alogênicos de medula óssea (TMO) ou transplantes de células-tronco (TCT) requerem monitoramento clínico para permitir o diagnóstico precoce de efeitos adversos pós-transplante, como rejeição, doença do enxerto versus hospedeiro (GVHD) ou recidiva de malignidade. A triagem dos receptores de transplante em ambientes clínicos é obtida monitorando a Doença Residual Mínima (DRM) e medindo a quantidade de quimerismo misto em linfócitos do sangue periférico (LSP). Enquanto o monitoramento da DRM envolve a detecção de marcadores específicos de malignidade, a medição da extensão do quimerismo misto pode ser obtida por meio de métodos gerais baseados em PCR. Desenvolvemos um método de genotipagem de SNP para detectar baixos níveis de quimerismo misto em PBL e DNA genômico. A sensibilidade é obtida medindo uma distorção cumulativa em dados de genotipagem em uma coorte de 92 marcadores SNP independentes. Este método mostrou uma sensibilidade de 0,98 e uma especificidade de 0,90 para amostras de quimerismo misto de 10%, 5% e 2%. A especificidade geral do método é de 0,98 e a precisão é de 0,95. Os resultados mostram 100% de concordância com os dados STR para um conjunto de amostras clínicas. A vantagem deste método em comparação com metodologias já estabelecidas é que ele não requer marcadores específicos da doença e pode ser multiplexado. O método e o software de análise também podem ser usados ​​com outras tecnologias de genotipagem e sequenciamento.