Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Identificação Computacional, Caracterização e Análise de miRNAs Conservados e seus Alvos em Amborella Trichopoda

Hajieghrari B, Farrokhi N, Goliaei B e Kavousi K

Os microRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs endógenos não codificantes de cadeia simples de cerca de 22 nucleótidos, que estão diretamente envolvidos na regulação da expressão génica a nível pós-transcricional. Os miRNAs desempenham papéis importantes no desenvolvimento e na resposta a stresses bióticos e abióticos. As pesquisas de homologia permitem a identificação de novos miRNAs devido à sua conservação relativamente elevada em espécies de plantas. Aqui, foram identificados miRNAs para Amborella trichopoda. Os MiRNAs de plantas conhecidos e únicos da miRBase foram pesquisados ​​pelo BLAST contra Expressed Sequence Tag (EST) e Genomic Survey Sequence (GSS) em A. trichopoda. Todas as sequências candidatas com uma estrutura dobrável apropriada foram selecionadas por uma série de critérios de filtragem de miRNA. Por fim, identificámos e analisámos a conservação de 5 potenciais miRNAs conservados pertencentes a 5 famílias de genes de miRNAs de ESTs, bem como de 82 miRNAs recentemente identificados, dependentes de 39 famílias de miRNAs de GSSs. Os potenciais genes alvo de miRNAs identificados foram identificados com base nas suas complementaridades de sequência com os respetivos miRNAs utilizando o psRNATarget contra a atribuição de estrutura de sequências do genoma de A. trichopoda. No total, foram identificados 1.219 locais-alvo no genoma de A. trichopoda. Dos quais, previu-se que 941 (77,19%) seriam objeto de clivagem por miRNA e 278 (22,81%) estruturas foram reguladas via repressão traducional do mRNA. Dos miRNAs previstos, 18 não tinham sequência alvo em A.trichopoda.