Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Abordagem computacional para identificar os principais péptidos antigénicos de ligação do complexo de histocompatibilidade da 'Ascaridíase'

Mishra S e Gomase VS

O Ascaris lumbricoides causa 'ascaridíase' nos humanos e a sua eliminação é a maior preocupação pública. Nesta investigação atual, previmos os peptídeos de ligação MHC (Major Histocompatibility Complex) classes I e II com uma abordagem computacional como algoritmos PSSM (Position Specific Scoring Matrices) e SVM (Support Vector Machine). Prevemos que os ligantes peptídicos da proteína do citocromo b (mitocôndria) da sequência de Ascaris lumbricoide às moléculas MHC-I são como 11mer_H2_Db, 10mer_H2_Db, 9mer_H2_Db, 8mer_H2_Db. O estudo integra também a previsão da ligação do peptídeo MHC de classe I; clivagem proteossomal C terminal e eficiência de transporte TAP utilizando a sequência e as propriedades dos aminoácidos. Também encontrámos a ligação de peptídeos a diferentes alelos utilizando a Matriz de Pontuação Específica de Posição. Citocromo B de Ascaris lumbricoides (365 resíduos de comprimento) com 357 nonómeros possuindo péptidos antigénicos de ligação ao MHC. O servidor baseado em PSSM irá prever que os ligantes peptídicos da sequência às moléculas MHCII são como I_Ab.p, I_Ad.p, I_Ag7, que se encontram na região dos epítopos antigénicos no citocromo B de Ascaris lumbricoides. Esta investigação pode ser útil no desenho racional de vacinas e simultaneamente aumentar a compreensão do papel do sistema imunitário contra os antigénios.