Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Análise computacional de árvore filogenética baseada na distância e em caracteres para proteínas do capsídeo do vírus do herpes humano

Vipan Kumar Sohpal, Apurba Dey e Amarpal Singh

A filogenia molecular é um aspeto fundamental da análise evolutiva e depende de métodos baseados na distância e nos caracteres. Neste artigo, comparamos as proteínas do capsídeo viral do HHV para analisar a relação entre proteínas utilizando modelos de substituição, modelo filogenético com busca exaustiva e técnicas de ME. O efeito da correção de Poisson com parâmetro de forma nas árvores NJ e UPGMA é também analisado. Mostramos através de uma extensa simulação computacional que a árvore filogenética é o reflexo da distância de substituição. O efeito do método max-mini branch &bound e do modelo heurístico minimini e da probabilidade logarítmica associada à árvore baseada em caracteres foi também discutido. Aplicámos ML e MP para análise perfeita da relação entre proteínas. Concluímos que os modelos de substituição, parâmetro de forma, nível de pesquisa e SBL têm um papel crítico na reconstrução da árvore filogenética. O estudo do relógio molecular mostra que o valor de χ2 é mais elevado em comparação com as proteínas relacionadas distantes.