Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Análise genómica comparativa da ADP-ribose-1′′-monofosfatase em 19 ecótipos de Arabidopsis thaliana

Huifang Jiang, Haichao Wei, Chunyun Jiang, Wei Sun, Wen Dong, Nini Chen, Hui Zhang, Yanxiu Zhao e Zenglan Wang

ADP-ribose-1′′-monofosfatase contendo domínio A1pp ou MACRO é uma importante enzima de processamento nas células, participando no splicing dos procedimentos de t-RNA e catalisando a ADP-ribose-1′′-monofosfato em ADP-ribose. Identificámos dois genes, AT1G69340 e AT2G40600, em Arabidopsis thaliana e verificámos que, embora existissem muitas diferenças nos aminoácidos, a estrutura espacial da região conservada era semelhante. Analisámos também a diferença na sequência do promotor, região codificante e região não traduzida utilizando os dados de todo o genoma de 19 ecótipos e comparámos a expressão de ambos os genes em diferentes tecidos em Col-0 e em plântulas em 19 ecótipos com base no banco de dados AtGenExpress e nos dados RNA-seq, respetivamente. Verificámos que o mesmo gene tinha padrões de expressão diferentes em alguns ecótipos e os dois genes tinham padrões de expressão semelhantes, exceto nos órgãos florais e nas sementes, de acordo com os dados do Col-0. Estes resultados implicaram que os mecanismos reguladores das expressões destes genes mudaram nestes ecótipos para as diversidades de factores de transcrição e locais de ligação de factores de transcrição. Acima de tudo, a nossa investigação fornecerá algumas informações para a descrição da função do gene e dos candidatos ao ecótipo utilizados para estudar a função dos genes.