Comoé Koffi Donatien Benie, Adjéhi Dadié, David Coulibaly N'Golo, Nathalie Guessennd, Solange AKA, Koffi Marcellin DJE e Mireille Dosso
A P. aeruginosa pode estar envolvida na intoxicação alimentar. É altamente patogénico para indivíduos imunocomprometidos ou debilitados, provocando uma elevada taxa de morbilidade e mortalidade. O objetivo deste estudo foi determinar o marcador filogenético adequado para a identificação molecular de Pseudomonas aeruginosa. A pureza e concentração dos ácidos nucleicos foram determinadas por espectrofotometria. As reações de sensibilidade utilizando marcadores filogenéticos (16S RNAr, recA, rpoB, STS1) e o limiar de deteção de 42 estirpes foram avaliadas por reação em cadeia da polimerase (PCR). Com uma absorção média a 230 nm de 2,1, os extratos de ADN apresentam uma relação média (A260/A280) de 1,7. O limiar de deteção da estirpe de referência de Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 foi de 0,8 μg/ml para a rpoB e de 7,6 μg/ml para cada um dos marcadores 16S RNAr e recA. O limiar de deteção das estirpes de controlo positivo CP2: 1125A e CP3: API foi de 1,2 μg/ml e 0,1 μg/ml para a utilização do gene rpoB, respetivamente. Este limite foi respectivamente de 12,3 μg/ml e 0,9 μg/ml para o gene recA. A sensibilidade do gene housekeeping rpoB foi de 97,4% seguido do RNAr recA e 16S com 87,2% e 82,1%, respetivamente. A resolução filogenética dos genes rpoB foi superior à dos genes 16S rRNA e recA. Não foi observada qualquer reação de sensibilidade com o marcador ITS1. A qualidade, a pureza dos ácidos nucleicos e a escolha do marcador filogenético estão entre os fatores mais críticos para a análise por PCR.