Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

BioGyan: uma ferramenta para identificar funções genéticas na literatura

Shiva Kumar, Vijaykumar Ghadage, Indhupriya Subramanian, Aarti Desai, Vivek K Singh e Abhay Jere

Enquadramento: O principal objetivo da investigação em ciências da vida é compreender mecanismos celulares complexos e a interação de vários genes/proteínas em múltiplos processos celulares. Para tal, o PubMed é ainda a principal fonte de informação biomédica, embora existam várias outras bases de dados, como o UniProt, o Protein Data Bank (PDB) e o Reactome.

Objectivo: Com o grande volume de dados disponíveis de tecnologias de alto rendimento e várias bases de dados, encontrar informação relevante para o fenótipo do processo genético tornou-se agora extremamente desafiante e tedioso. Não está atualmente disponível nenhuma ferramenta para pesquisar simultaneamente no PubMed e em várias outras bases de dados para obter informações holísticas. Além disso, uma pesquisa típica no PubMed devolve um grande número de artigos, que precisam de ser selecionados manualmente para identificar literatura relevante. Assim, desenvolvemos o BioGyan, uma ferramenta de mineração de literatura para simplificar a pesquisa combinatória de genes, tipos de células e processos celulares no PubMed e noutras bases de dados relevantes.

Métodos: O BioGyan utiliza um método de pontuação robusto para classificar artigos relevantes para os termos de pesquisa do utilizador. O método de pontuação baseia-se na soma ponderada da coocorrência de termos de gene, processo e interações num resumo.

Resultados: O BioGyan recupera artigos da PubMed que suportam a associação entre genes e processos consultados, caminhos relevantes de bases de dados de caminhos e estruturas tridimensionais do PDB. Para facilitar a visualização, todas as informações ao utilizador ficam disponíveis numa única janela. O BioGyan apresentou uma precisão de 85,46% na previsão da relevância dos artigos para uma associação gene-processo e teve um melhor desempenho que o PESCADOR.

Conclusão: O BioGyan possui várias características importantes, como a consulta em lote de genes e processos, leitura offline de artigos, exportação de lista de artigos como bibliografia e flexibilidade para o utilizador rever a relevância do artigo, tornando-o uma ferramenta vital para a pesquisa bibliográfica. Assim, o BioGyan é uma ferramenta única que oferece pesquisa holística em várias bases de dados, ao mesmo tempo que automatiza bastante todo o processo.