Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics

Abstrato

Uma análise de palíndromos e frequências do trato n-nário encontradas numa sequência genómica

Dan Ofir

A motivação para investigar os tratos n-nário e palíndromo surgiu após a descoberta por Chargaff e colegas de trabalho da sobre-representação de certos tratos binários de ADN nos genomas. Investigaram as frequências de vários tratos ternários em diversos locais em genes de várias espécies. A investigação atual examina ainda os tratos ternários e os palíndromos serão doravante designados por tratos designados. Um setor designado tem frequências extraordinárias de comprimento e localização? Foi realizada uma análise matemática teórica para analisar a quantidade de setores designados de acordo com as frequências dos seus elementos únicos. Os trechos designados são categorizados de acordo com aqueles que possuem elementos mistos de um subconjunto de um conjunto que compõe a sequência, e segundo os quais consistem num longo trecho de ordem n-naria inferior. Por exemplo, a análise de tractos investiga se os fenómenos especiais se devem ao tracto ternário ou a um longo tracto binário que nele está incluído. A ordem máxima de interesse do trato n-nário no genoma é de três (ternário); quatro é o próprio gene inteiro. No entanto, a ordem superior dos tratos n-nários tem interesse noutras áreas como a “Teoria da Fiabilidade”. Por conseguinte, a formulação geral e o tratamento dos tratos designados são aqui apresentados e demonstrados para os aspetos genómicos, que foram exaustivamente investigados nas últimas duas décadas.