Jornal de tecnologia microbiana e bioquímica

Abstrato

Um regresso aos genomas microbianos na era do metagenoma

Eric Altermann

A metagenómica alargou-se significativamente nos ecossistemas microbianos, na diversidade filogenética e na complexidade genética. No decurso de apenas alguns anos, a genómica microbiana registou um aumento dramático do genoma de 1,8 pares de megabases (Mbp) do primeiro organismo de vida livre sequenciado (Haemophilus influenzae Rd em 1995 [1]) para programas de (meta) genoma que agora geram mais do que um par Terabase de dados de sequência cada. Estes avanços foram possíveis graças a tecnologias de sequenciação cada vez mais poderosas. Os métodos de eletroforese em placa fluorescente em gel foram substituídos por sistemas baseados em capilares, o que trouxe um aumento significativo do nível de rendimento e automação. Uma mudança radical surgiu com a introdução do “sequenciamento por síntese”. Esta tecnologia foi comercializada como 'pirosequenciamento', nomeadamente pela 454 Life Sciences. Embora inicialmente fornecesse apenas comprimentos de leitura mais curtos de 100-200 nucleótidos (nt), e tivesse uma qualidade de chamada de base inferior e problemas com secções homopoliméricas de nucleótidos, também proporcionou um salto na capacidade de sequenciação (até 400 Mbp por execução) do Sanger capilar tecnologias de sequenciação baseadas em tecnologias. Desde então, uma série de outras plataformas de sequenciação de nova geração foram comercializadas (como a Illumina, SOLID, Ion Torrent), cada uma aumentando a quantidade de informação de sequência obtida por execução (o Illumina HiSeq2500 fornece atualmente até 600 Gbp por execução). Embora a sequenciação de molécula única em tempo real (SMRT) ainda esteja no início, é provável que seja a “próxima grande novidade” e os protótipos (principalmente da Pacific Biosciences) estão atualmente a ser testados.