Jornal de Bacteriologia e Parasitologia

Abstrato

Um novo paradigma para a estrutura populacional do género Mycobacterium

Paulo Jeffrey Freidlin

O género Mycobacterium contém as espécies patogénicas tuberculose e leprae, e adicionalmente pelo menos 148 espécies patogénicas por vezes oportunistas que ocupam nichos ambientais. O género Mycobacterium está na ordem Actinomycetes juntamente com outros géneros álcool-ácido resistentes com ácidos micólicos nas suas paredes celulares, como Corynebacterium, Nocardia e Rhodococcus. O gene rpoB da subunidade b da RNA polimerase dependente de ADN é relativamente conservado entre estas bactérias. O polimorfismo de sequência num fragmento de 342 pb de rpoB é suficiente para diferenciar a maioria das espécies de Mycobacterium. No entanto, a construção de uma filogenia ou estrutura populacional robusta e testável baseada neste polimorfismo, ou polimorfismo noutras regiões genómicas, permaneceu indefinida. Este estudo apresenta um novo paradigma para a resolução da estrutura populacional do género Mycobacterium. Foi construída uma árvore geradora mínima (MST) sobre polimorfismos de sítios de enzimas de restrição detectados in silico para 5 enzimas, no fragmento rpoB de 342 pb obtido a partir de dados do GenBank para 47 espécies de Mycobacterium e uma espécie de Corynebacterium, Nocardia e Rhodococcus. O MST foi dividido empiricamente em 3 regiões. Todas as micobactérias de crescimento rápido (RGM), com um halo de micobactérias de crescimento lento (SGM), foram encontradas na região 1 do MST. A exatidão do modelo das regiões MST da estrutura populacional do género Mycobacterium foi validada pelo desequilíbrio de ligação estatisticamente confirmado de certos Alelos de sítio de restrição. Para certos alelos, o SGM na região MST 1 assemelhava-se mais ao RGM da região MST 1 do que ao SGM da região MST 3. O modelo forneceu uma estrutura consistente com as observações genotípicas e fenotípicas publicadas, incluindo as expectativas de genómica comparativa e de RNA ribossómico ( rRNA) distribuição de propriedades genéticas entre espécies e agrupamentos cladísticos reportados de espécies. Corynebacterium diphtheriae, Nocardia nova e Rhodococcus equi pertenciam às regiões 2, 3 e 1 do MST, respetivamente. Em conclusão, o modelo das regiões MST da estrutura populacional do género Mycobacterium era robusto, inequívoco, transparente para os alelos, consistente com os genótipos e fenótipos e estatisticamente testável.