Bioquímica e Bioquímica Analítica

Abstrato

Um fluxo de trabalho genérico para dados analíticos de bioprocessos: triagem de técnicas de alinhamento e análise dos seus efeitos na modelação multivariada

Rajamanickam V, Herwig C e Spadiut O

Os dados cromatográficos UV em combinação com a análise multivariada de dados (MVDA) têm sido amplamente utilizados para a monitorização de bioprocessos. No entanto, são geralmente atribuídos a alterações ao longo do tempo de retenção e requerem pré-processamento. Dados cromatográficos UV desalinhados resultam em modelos MVDA inconsistentes. Estão disponíveis inúmeras técnicas de pré-processamento, cada uma variando no número de metaparâmetros a otimizar, na complexidade e no tempo computacional. Assim, o nosso objetivo foi desenvolver um fluxo de trabalho genérico para rastrear técnicas de pré-processamento. Escolhemos quatro conjuntos de dados com complexidade crescente contendo dados cromatográficos UV de HPLC de cromatografia de fase reversa e exclusão de tamanho. Alinhamos todos os quatro conjuntos de dados utilizando três técnicas de pré-processamento, nomeadamente os algoritmos icoshift, PAFFT e RAFFT. Escolhemos diversas ferramentas estatísticas para validar o desempenho das técnicas de pré-processamento e para rastrear metaparâmetros. Validámos o desempenho das técnicas de pré-processamento em termos de preservação de dados, complexidade e tempo computacional, e identificámos os intervalos ideais de metaparâmetros para cada conjunto de dados. Por fim, estabelecemos modelos de análise de componentes principais (PCA) para avaliar a técnica de alinhamento escolhida. Resumindo, neste estudo foi desenvolvido um workflow genérico para validar o alinhamento dos dados cromatográficos utilizando ferramentas estatísticas.